《仙剑奇侠传五前传》的结局非常悲壮，是仙剑系列中著名的“悲剧”结局之一，故事紧接《仙剑奇侠传五》的设定，主要角色的命运如下：

夏侯瑾轩与瑕

• 在最终决战中,为了阻止魔翳（枯木）利用瑕的身体开启神魔之井，瑾轩与瑕坠入悬崖。
• 官方结局中,两人并未直接确认死亡，在片尾动画中，暮菖兰在悬崖边看到一男一女两个背影（疑似瑾轩和瑕）携手归来，但这被普遍解读为一种开放式的诗意表达或暮菖兰的幻觉，主创团队在后续访谈中倾向于认为两人生还，但归隐江湖，不再过问世事。

龙溟与凌波

• 龙溟：在盗取神农鼎时，为保护凌波与神兽战斗，身受重伤，最终在凌波面前死去（实际上他早已被魔翳设计，耗尽了最后的力量）。
• 凌波：因私自帮助龙溟盗鼎，被蜀山派囚禁于禁地，最终在愧疚与思念中死去，化为魂魄守护神农鼎（在《仙剑五》中，她的魂魄与神农鼎一同出现）。

谢沧行（罡斩）

• 在蜀山禁地,为了阻止魔翳夺取神农鼎并保护姜承（姜世离），谢沧行以兵解（自尽式攻击）的方式重创魔翳，并加固了神魔之井的封印，他的牺牲是剧情中最悲壮的桥段之一。

暮菖兰

• 在结局中,她独自回到悬崖边，看到了疑似瑾轩与瑕的背影，她选择继续游历江湖，并暗中守护着姜承的孩子（姜云凡）的成长（与《仙剑五》剧情衔接）。

姜承（姜世离）

• 在得知自己是蚩尤后裔后,被魔翳利用，最终与正道决裂，成为净天教教主，结局中他并未死亡，而是被蜀山派封印（与《仙剑五》剧情衔接）。

《仙剑五前传》的结局以“生离死别”为核心，主角团几乎全员悲剧，瑾轩与瑕的结局留有希望，但其他角色（龙溟、凌波、谢沧行）的牺牲极其惨烈，整个故事起到了承上启下的作用，完美衔接了《仙剑五》的剧情，也让玩家深刻感受到“宿命”与“抉择”的主题。